مهم‌ترین مسئله‌اي که دانشمندان بزرگ را در این داستان به خود مشغول ساخته، ماجراهاي سه‌گانه‌اي است که این مرد عالم در برابر موسي(ع) انجام داد، موسي چون از باطن امر آگاه نبود، زبان به اعتراض گشود؛ ولي بعداً که توضیحات استاد را شنید، قانع شد. سؤال این است که آیا واقعاً مي‌توان اموال کسي را بدون اجازة او معیوب کرد، به دليل آنکه غاصبي آن را از بین نبرد؟ و آیا مي‌توان نوجواني را به دلیل کاري که در آینده انجام مي‌دهد، مجازات کرد؟! و آیا لزومي دارد که براي حفظ مال کسي ما به طور رایگان زحمت بکشیم و بیگاري کنیم؟! در برابر این سؤال‌ها باید گفت:
ما در این جهان، داراي دو نظام هستیم: نظام تکوین و نظام تشریع، گر چه این دو نظام در اصول کلّي هماهنگ می‌باشند؛ ولي گاه مي‌شود که در جزئیّات از هم جدا مي‌شوند. مثلاً خداوند براي آزمایش بندگان آنها را مبتلا به خوف (ناامني) و نقص اموال و ثمرات، از بین رفتن نفوس و عزیزان مي‌کند تا معلوم شود، چه اشخاصي در برابر این حوادث صابر و شکیبا هستند. آیا هیچ فقیهي یا حتّي پیامبري مي‌تواند اقدام به چنین کاري بکند؛ یعني اموال و نفوس و ثمرات و امنیّت را از بین ببرد تا مردم آزمایش شوند یا اینکه خداوند بعضي از پیامبران و بندگان صالح خود را به عنوان هشدار و تربیت در برابر ترک اولي گرفتار مصیبت‌هاي عظیم نماید، همچون مصیبت یعقوب به خاطر کم توجّهي به بعضي از مستمندان یا ناراحتي یونس به خاطر یک ترک اولاي کوچک. آیا کسي حق دارد به عنوان مجازات و کیفر، اقدام به چنین کاري کند؟ یا اینکه مي‌بینیم گاهي خداوند نعمتي را از انسان به دلیل ناشکري مي‌گیرد، مثلاً شکر اموال را به جاي نیاورده، اموالش در دریا غرق مي‌شود یا شکرانة سلامتي را به جا نیاورده، خدا سلامت را از او مي‌گیرد.آیا از نظر فقهي و قوانین تشریعي کسي مي‌تواند به خاطر ناشکري اموال دیگري را نابود کند و سلامت را مبدّل به بیماري کند. نظیر این مثال‌ها فراوان است و مجموعاً نشان مي‌دهد که جهان آفرینش مخصوصاً آفرینش انسان بر این نظام احسن استوار است که خداوند براي اینکه انسان راه تکامل را بپیماید، قوانین و مقرّراتي براي او از نظر تکوین قرار داده که تخلّف از آنها، عکس‌العمل‌هاي مختلفي دارد؛ در حالي که از نظر قانون شرع نمي‌توانیم همة آنها را در چارچوب این قوانین بریزیم.
في المثل، طبیب مي‌تواند انگشت انساني را به دليل اینکه زهر به قلب او سرایت نکند، قطع نماید؛ ولي آیا هیچ کس مي‌تواند انگشت انساني را براي پرورش صبر و شکیبایي در او یا به دلیل کفران نعمت قطع نماید؟! (در حالي که مسلّماً خدا مي‌تواند چنین کاري را بکند، چرا که موافق نظام احسن است). حال که ثابت شد ما دو نظام داریم و خداوند حاکم بر هر دو نظام است، هیچ مانعي ندارد که خداوند گروهي را مأمور پیاده کردن نظام تشریع کند و گروهي از فرشتگان یا بعضي از انسان‌ها (همچون خضر) را مأمور پیاده کردن نظام تکوین کند. از نظر نظام تکوین الهي، هیچ مانعي ندارد که خداوند حتّي کودک نابالغي را گرفتار حادثه‌اي کند و او در آن حادثه جان بسپارد؛ زیرا وجودش در آینده، ممکن است خطرات بزرگي به بار آورد، همان گونه که گاهي ماندن این اشخاص داراي مصالحي، مانند آزمایش و امتحان و امثال اینها است. به عبارت دیگر گروهي از مأموران خدا در این عالم مأمور به باطنند و گروهي مأمور به ظاهر، آنها که مأمور به باطنند ضوابط و اصول برنامه‌اي مخصوص به خود دارند؛ همان گونه که مأموران به ظاهر، براي خود اصول و ضوابط خاصّي دارند. درست است که خطّ کلّي این دو برنامه، هر دو انسان را به سمت کمال مي‌برد و از این نظر هماهنگند؛ ولي گاهي در جزئیّات مانند مثال‌هاي بالا از هم جدا مي‌شوند. البتّه بدون شک در هیچ یک از دو خط، هیچ کس نمي‌تواند خودسرانه اقدامي کند؛ بلکه باید از مالک و حاکم حقیقي مجاز باشد؛ بنابراين خضر(ع) با صراحت این حقیقت را بیان کرد و گفت: «مَا فَعَلْتُهُ عَنْ أَمْرِي؛ من هرگز پیش خود این کار را انجام ندادم»؛ بلکه درست طبق یک برنامة الهي و ضابطه و خطّي که به من داده شده است، گام بر مي‌دارم. موسي تاب تحمّل کارهاي خضر را نداشت؛ به دليل همین بود که خطّ مأموریّت او از خطّ مأموریّت خضر جدا بود، بنابراين هر بار مشاهده مي‌کرد، گامش برخلاف ظواهر قانون شرع است، فریاد اعتراضش بلند مي‌شد؛ ولي خضر با خونسردي به راه خود ادامه مي‌داد و چون این دو رهبر بزرگ الهي به دليل مأموریّت‌هاي متفاوت نمي‌توانستند، براي همیشه با هم زندگي کنند «هَذَا فِرَاقُ بَيْنِي وَ بَيْنِكَ» را گفت.
در هر حال، کارهای خضر(ع) به خصوص کشتن نوجوان، گرچه ظاهری بسیار زننده داشت؛ ولی باید توجّه داشت که فرق است بین نظام تشریع و تکوین، خداوند حاکم بر هر دو نظام است. در این صورت هیچ مانعی ندارد که خداوند گروهی مانند موسی(ع) را مأمور اجرای نظام تشریع کند و گروهی یا شخصی، مانند خضر(ع) را مأمور اجرای نظام تکوین. از نظر نظام تکوین، هیچ مانعی ندارد که خداوند حتّی کودک نابالغی را دچار حادثهای کند که جان بسپارد؛ زیرا وجودش ممکن است در آینده موجب خطرهای عظیم گردد، مانند اینکه پزشک دست یا پای کسی را قطع میکند تا میکروب سرطان از آن به سایر اعضا سرایت ننماید. کارهای حضرت خضر(ع) در ماجرای فوق در محدودة نظام تکوین بوده؛ ولی حضرت موسی(ع) مأمور کارها در محدودة تشریع بود، از این رو، مقام موسی(ع) در این راستا از حضرت خضر(ع) بالاتر بود؛ اگرچه در محدودة نظام تکوین، مقام خضر(ع) بالاتر بود. از سوی دیگر این کار خضر(ع)، از نشانههای رحمت الهی و پاداش او به پدر و مادر با ایمان بود، خضر به دستور خدا آن کودک کافر را ـ که اگر میماند موجب کفر و انحراف پدر و مادر میشد ـ کُشت؛ ولی به جای آن کودک، خداوند دختری به آن پدر و مادر مرحمت فرمود که کانون ایمان و تقوا بود و به فرمودة امام صادق(ع) از نسل او هفتاد پیامبر، به وجود آمد.